復旦大學軟件學院依托復旦大學深厚的學術底蘊和充沛的辦學資源，以建設一流學科為目標，大力開展高水平科學研究，堅持走產學研相結合道路，以科研進展帶動教學，把握行業(yè)和學科發(fā)展的最新動向，并把創(chuàng)新科研成果充實到教學實踐，建立起創(chuàng)新型教師隊伍，培養(yǎng)了一支具有創(chuàng)新意識和實際研發(fā)能力的學生隊伍。學院以互聯(lián)網和物聯(lián)網時代的需要為特征，推進學科建設。近年來取得許多進展：多人多次在頂尖國際學術會議上發(fā)表論文；人均科研經費持續(xù)多年保持在50萬元以上；作為首席科學家主持的國家973青年科學家專項喜獲科技部立項；培養(yǎng)的博士生獲得全國百篇優(yōu)博，參與軍方組建密碼協(xié)同創(chuàng)新中心建設；先后有青年教師獲得“上海IT青年十大新銳”和“上海市浦江學者”等稱號。學院在學科建設和布局上，突出強調以互聯(lián)網和物聯(lián)網時代的需要為特征，著力構建從底層軟件到應用層乃至商務應用模式的完整的縱向研究體系，并以人才培養(yǎng)、學術研究、產業(yè)推進為一體的方式展開。學院設有并行處理研究所、軟件工程實驗室、電子商務研究中心、交互式圖形學實驗室、密碼與信息安全研究室、數(shù)據(jù)分析與安全實驗室、公共績效與信息化研究中心和系統(tǒng)軟件與安全實驗室等研究機構。近年來承擔了國家973，863，核高基科技重大專項、國家自然科學基金和省部級科研項目三十多項。在計算學科領域的系列頂級國際會議上發(fā)表了多篇有影響力的學術論文，承辦了在相關領域中有較大影響的國際會。各實驗室通過具有創(chuàng)新技術的研發(fā)，獲得專利多個，在系統(tǒng)軟件、軟件工程、互動媒體、信息系統(tǒng)、密碼學與信息安全等研究領域頗有建樹，并在國內外具有相當?shù)膶W術影響力。
計算機軟件與理論專業(yè)和軟件工程專業(yè)學位均包括密碼與信息安全、網絡與多媒體、系統(tǒng)軟件、電子商務與電子政務、軟件工程5個專業(yè)方向。
學院現(xiàn)設有并行處理研究所、軟件工程實驗室、電子商務研究中心、交互式圖形學實驗室、密碼與信息安全實驗室、公共績效與信息化研究中心、數(shù)據(jù)分析與安全實驗室、系統(tǒng)軟件與安全實驗室和金融IT人才標準研究中心等研究機構。
軟件工程實驗室由趙文耘教授領銜，是教育部軟件科學與技術網上合作研究中心的成員單位，主要從事軟件工程方法、理論、工具與開發(fā)環(huán)境等方面的研究和實踐工作，實驗室累計獲得國家級科研獎勵兩項，省部級科研獎勵十余項。目前主要關注于互聯(lián)網時代軟件開發(fā)、運行和維護的新方法和新技術。近年來，實驗室在ICSM、RE、ICSR、WWW、WCRE等國際會議以及IST、JSS、JCST等國內外期刊上發(fā)表了一系列研究論文，并獲ICSM 2011唯一的最佳論文獎。
電子商務研究中心是電子商務交易技術國家工程實驗室與中國電子商務可信交易服務中心的重要依托機構。研究聚焦于“人本電子商務模式與支撐技術”，率先提出并研制的創(chuàng)新成果包括新概念“人本電子商務”、云瀏覽器“CloudExplorer”、下一代電子商務模式“I2I”、數(shù)字靈魂“Cyber-A”、交互式隱私機制“InterSec”、 電子商務誠信模型、基于“互聯(lián)網信息對象”與“數(shù)字靈魂模型”的“人本搜索”，以及云私塾、彩云天使、可信云、私媒體等創(chuàng)新應用。在國際期刊和會議上發(fā)表了多篇科研論文，制定技術標準3項，取得發(fā)明專利3項、軟件著作權3項。 主持國家科技支撐計劃重點課題、國家自然科學基金、工信部電子發(fā)展基金以及國際合作項目等，參與國家863 RFID專項和農業(yè)物聯(lián)網項目。
交互式圖形學實驗室主要研究立體影像生成、投影顯示、人機交互和視覺感知的基礎理論和算法，形成自有核心技術和系統(tǒng)，主導/參與設計主題樂園、展覽展示、互聯(lián)網娛樂、演繹表演等垂直行業(yè)的數(shù)字媒體項目，涵蓋從主題創(chuàng)意、總體規(guī)劃、概念設計、結構設計、媒體制作和工程實施全過程。實驗室研制成功的媒體展示系統(tǒng)成功應用于2010年上海世博會世博會博物館、西藏館等多個展示項目。交互式仿真系統(tǒng)將應用于CRH2新一代高速列車仿真和型號飛機前輪轉彎仿真系統(tǒng)。在IEEE Trans. TVCG，JCAVW等國際一流期刊和IEEE ICIP、IEEE ICME等國際主流會議發(fā)表論文十余篇。獲得國家863項目，國家自然科學基金、微軟亞洲研究院和行業(yè)知名企業(yè)經費支持，該實驗室畢業(yè)的一個研究生先后收到了麻省理工學院(MIT)、斯坦福大學(Stanford)、卡耐基－梅隆大學(CMU)等三所全球計算機領域頂級高校攻讀博士學位的錄取通知書。
并行處理研究所主要從事系統(tǒng)軟件、體系結構和編譯優(yōu)化等方向的研究。近年來，已連續(xù)在SOSP、ISCA、Micro、DAC、PACT和PPoPP等國際頂級或重要會議發(fā)表論文30余篇，整體研究處于亞洲領先水平。所培養(yǎng)的博士研究生已有3人獲計算機學會優(yōu)秀博士論文，1人獲得上海市優(yōu)秀博士論文和全國優(yōu)秀博士論文。承擔了核高基、科技支撐計劃、863和自然科學基金等一批研究課題。
密碼與信息安全研究室主要從事密碼學、網絡安全協(xié)議、分布式系統(tǒng)安全方面研究。主持和參與了國家標準局互聯(lián)網安全技術國家標準《數(shù)字簽名機制標準》和國家密碼管理局《射頻識別系統(tǒng)密碼應用技術要求》；在零知識相關的密碼協(xié)議理論與應用，物聯(lián)網安全以及基于策略的管理方面取得了國際廣泛關注的科研進展。在包括歐洲密碼會等國際頂級會議和權威期刊上發(fā)表論文多篇。在國際上首次提出、定義和實現(xiàn)了針對密鑰交換的基于標簽的強并發(fā)不可鍛造安全性新框架和新理論；發(fā)明設計出具有完全自主知識產權的用于網絡和信息安全的核心密碼協(xié)議，在效率、安全性、隱私保護方面優(yōu)于相關美國和國際當前工業(yè)標準。提出了量化風險自適應的安全框架，并應用在工作流管理安全和數(shù)字身份管理中，為網絡化系統(tǒng)的管理提供從語言、機制到中間件的支持。承擔了多項國家自然科學基金、973、863、國家密碼發(fā)展基金、上海市科委重點項目的研究工作。
數(shù)據(jù)分析與安全實驗室于2011年籌備創(chuàng)立，該實驗室承擔了包括國家核高基、教育部、上海市科委、上海市經信委以及企業(yè)合作等多個項目，累計研究經費達2000萬元，擁有13項專利，部分成果已進入產業(yè)化進程。目前該實驗室主要圍繞移動互聯(lián)網數(shù)據(jù)分析與安全技術開展研究，著重于大數(shù)據(jù)并行處理與分析、安卓系統(tǒng)安全機制增強和安卓應用軟件安全性測評等多個技術領域開展研究工作。
系統(tǒng)軟件與安全實驗室主要研究系統(tǒng)軟件與系統(tǒng)安全。近年來圍繞移動智能操作系統(tǒng)安全技術(主要面向安卓系統(tǒng))開展了大量的研究工作，目前主持承擔了國家973重大基礎研究計劃(青年專項)“移動應用惡意行為檢測控制的基礎理論與關鍵技術”，是國內系統(tǒng)安全領域第一個得到973計劃支持的項目。已發(fā)表高水平學術論文多篇，獲得專利數(shù)十項。
公共績效與信息化研究中心專注于公共績效領域的理論研究、項目實踐和信息化建設，致力于政府績效管理、機關工作績效管理、人員績效管理和專項績效管理等方面的研究和實踐，先后承擔中紀委監(jiān)察部、教育部、科技部、國家公務員局、北京市科委等多個省部級及地方政府課題研究項目。協(xié)助大量地方政府及機關部門建立了科學、創(chuàng)新績效管理體系。
金融IT人才標準研究中心成立于2014年，主要從事金融IT人才培養(yǎng)模式、方式、內容、評價標準等方面的研究。中心充分發(fā)揮企業(yè)、行業(yè)、高校及研究機構等資源優(yōu)勢，全方位、多渠道地開展金融IT人才標準的研究交流，提供人才戰(zhàn)略服務工作，致力于推動金融與IT復合型中高端人才的培養(yǎng)與成長，進而推動整個金融產業(yè)的發(fā)展。