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 中國科學(xué)院數(shù)學(xué)與系統(tǒng)科學(xué)研究院成立于1998年12月，是由中科院數(shù)學(xué)研究所(建于1952年)、應(yīng)用數(shù)學(xué)研究所(建于1979年)、系統(tǒng)科學(xué)研究所(建于1979年)及計(jì)算數(shù)學(xué)與科學(xué)工程計(jì)算研究所(建于1995年)等四個(gè)研究所整合而成。
　　研究院是一個(gè)綜合性的國立學(xué)術(shù)研究機(jī)構(gòu)，覆蓋了數(shù)學(xué)與系統(tǒng)科學(xué)的主要研究方向。研究院新時(shí)期的辦院方針是：在數(shù)學(xué)與系統(tǒng)科學(xué)領(lǐng)域，面向國際發(fā)展前沿，面向國家戰(zhàn)略需求，做出原創(chuàng)性、突破性和關(guān)鍵性的重大理論成果與應(yīng)用成果，造就具有國際重要影響的學(xué)術(shù)帶頭人和一批杰出人才。研究院的發(fā)展目標(biāo)是：在數(shù)學(xué)與系統(tǒng)科學(xué)領(lǐng)域內(nèi)，成為國際上有重要影響的研究中心、培養(yǎng)和造就高級(jí)研究人才的著名中心、國民經(jīng)濟(jì)和國防建設(shè)有關(guān)問題研究和咨詢的重要中心。
　　研究院除了下屬的四個(gè)研究所以外，還有國家數(shù)學(xué)與交叉科學(xué)中心、科學(xué)與工程計(jì)算國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中科院管理決策與信息系統(tǒng)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中科院系統(tǒng)控制重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中科院數(shù)學(xué)機(jī)械化重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、華羅庚數(shù)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、隨機(jī)復(fù)雜結(jié)構(gòu)與數(shù)據(jù)科學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，以及中科院晨興數(shù)學(xué)中心和中科院預(yù)測科學(xué)研究中心等。2000年以來根據(jù)學(xué)科發(fā)展和實(shí)際需求又先后成立了13個(gè)交叉研究中心，分別是生物信息學(xué)研究中心、動(dòng)力系統(tǒng)研究中心、圖論組合網(wǎng)絡(luò)研究中心、信息安全研究中心、復(fù)雜系統(tǒng)研究中心、偏微分方程及其應(yīng)用中心、統(tǒng)計(jì)科學(xué)研究中心、優(yōu)化與應(yīng)用研究中心、質(zhì)量與數(shù)據(jù)科學(xué)研究中心、數(shù)論與幾何研究中心、隨機(jī)分析研究中心、量子計(jì)算與量子信息處理研究中心和調(diào)和分析及其應(yīng)用研究中心。
　　五十余年來，研究院薈萃了我國一大批著名數(shù)學(xué)家和系統(tǒng)科學(xué)家。四個(gè)研究所的科研人員在理論研究和實(shí)際應(yīng)用方面，為我國數(shù)學(xué)和系統(tǒng)科學(xué)的發(fā)展以及國民經(jīng)濟(jì)和國防建設(shè)做出了重要的貢獻(xiàn)，獲得各種科技獎(jiǎng)勵(lì)近500項(xiàng)，其中包括首屆國家最高科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)(吳文俊)，4項(xiàng)國家自然科學(xué)獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)(華羅庚“典型域上的多元復(fù)變數(shù)函數(shù)論”，吳文俊“示性類與示嵌類的研究”，陳景潤和王元等“哥德巴赫猜想研究”，馮康等“哈密爾頓系統(tǒng)的辛幾何算法”)，1項(xiàng)國家科技進(jìn)步獎(jiǎng)特等獎(jiǎng)，23項(xiàng)國家自然科學(xué)二等獎(jiǎng)以及一些重要的國際學(xué)術(shù)獎(jiǎng)勵(lì)。不少重要的應(yīng)用成果受到中央領(lǐng)導(dǎo)和實(shí)際部門的充分肯定，顯示了數(shù)學(xué)和系統(tǒng)科學(xué)理論在國民經(jīng)濟(jì)主戰(zhàn)場的作用。
　　研究院科研隊(duì)伍實(shí)力雄厚，現(xiàn)有職工370余人，其中科研人員249人，包括中國科學(xué)院院士18人，中國工程院院士1人，第三世界科學(xué)院院士6人，中科院“百人計(jì)劃”入選者和國家杰出青年基金獲得者約80人。自招收第一批研究生至今，已為國家培養(yǎng)碩士研究生1565名，博士研究生1781名，博士后232人。研究院下屬的四個(gè)研究所是我國最早被批準(zhǔn)具有碩士、博士學(xué)位授予權(quán)的單位之一，是首批國家批準(zhǔn)的博士后流動(dòng)站之一。全院13個(gè)博士點(diǎn)分布在數(shù)學(xué)、系統(tǒng)科學(xué)、管理科學(xué)與工程、計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)和統(tǒng)計(jì)學(xué)五個(gè)一級(jí)學(xué)科中。
　　研究院貫徹"開放、流動(dòng)、聯(lián)合，面向全國、面向世界"的方針，每年接待300余位國內(nèi)外訪問學(xué)者,與國內(nèi)外學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)有廣泛的交流合作關(guān)系。研究院擁有全國館藏最為豐富的數(shù)學(xué)專業(yè)圖書館，訂有大量國外期刊，藏書逾21萬冊。研究院有先進(jìn)的計(jì)算機(jī)及網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)，包括萬億次機(jī)群(聯(lián)想深騰1800)和超級(jí)計(jì)算服務(wù)器，帶有多種大型數(shù)學(xué)軟件包。
　　掛靠在研究院的全國一級(jí)學(xué)會(huì)有中國數(shù)學(xué)會(huì)、中國運(yùn)籌學(xué)會(huì)、中國系統(tǒng)工程學(xué)會(huì)。研究院主辦13種國內(nèi)著名學(xué)術(shù)刊物：數(shù)學(xué)學(xué)報(bào)(中、英文版)、應(yīng)用數(shù)學(xué)學(xué)報(bào)(中、英文版)、系統(tǒng)科學(xué)與數(shù)學(xué)(中文版)、系統(tǒng)科學(xué)與復(fù)雜性(英文版)、計(jì)算數(shù)學(xué)(中、英文版)等。
　　“數(shù)系天地，勤篤求真”是研究院的理念。數(shù)學(xué)與系統(tǒng)科學(xué)來源于自然和實(shí)踐，同時(shí)又服務(wù)于自然科學(xué)與社會(huì)實(shí)踐，“自然界的奧秘是用數(shù)學(xué)語言寫成的”，數(shù)學(xué)是理解天地間萬物的工具和基礎(chǔ)。勤奮、踏實(shí)、執(zhí)著是治學(xué)者所應(yīng)具備的最基本的品質(zhì)。作為數(shù)學(xué)與系統(tǒng)科學(xué)研究工作者，應(yīng)當(dāng)勤思篤行，具有只爭朝夕、腳踏實(shí)地、甘于寂寞、堅(jiān)持不懈的工作作風(fēng)。為了探索和追求科學(xué)真理，應(yīng)當(dāng)具有敢于挑戰(zhàn)困難、敢為天下先的自信心；具有不怕失敗、不怕非議、不怕磨難的科學(xué)精神；具有理論“頂天”、應(yīng)用“立地”的奮斗目標(biāo)。