工商管理學院是沈陽藥科大學成立最早的二級學院，是國內醫(yī)藥院校中最早開展管理專業(yè)人才培養(yǎng)的院系，是國內第一個從事藥事管理博士研究生教育的學院。學院始建于1981年，1987年開始招收全日制本科生，1995年組建工商管理學院, 1994年開始招收碩士研究生，2000年開始招收博士研究生。目前學院已經形成了本科、碩士和博士層次完整的教育體系。
學院下設藥事管理、工商管理、市場營銷、藥物經濟學四個教研室，現有教工40人，其中專任教師32人。教師中有教授6人，兼職教授31人，副教授12人，具有博士學位的教師占教師總數的73%。教師在藥物信息協(xié)會(DIA)、香港交易所生物科技咨詢小組、中國藥學會、中國藥品監(jiān)督管理研究會、中國藥師協(xié)會、中國醫(yī)藥企業(yè)管理協(xié)會、國家發(fā)改委藥品價格評審專家委員會、國家商務部產業(yè)發(fā)展專家委員會等組織以及《國際公共衛(wèi)生雜志》、《中國藥學雜志》、《中國藥房》等十幾家雜志有社會兼職。
學院現有藥學一級學科（包括藥事管理學1個二級學科）博士、碩士學位授予點1個；工商管理一級學科碩士學位授予點1個；碩士專業(yè)學位授予點1個，即藥學碩士（藥事管理學研究方向）；藥事管理、工商管理、市場營銷、本科專業(yè)3個。學院目前在校本科生924人，碩士生126人，博士生38人。現已培養(yǎng)藥事管理博士畢業(yè)生80余名，占國內同專業(yè)畢業(yè)生總數的85%，碩士畢業(yè)生500余名。
近年來，學院完成了世界衛(wèi)生組織、國家藥品監(jiān)督管理局、衛(wèi)生部、科技部、教育部等研究課題300余項；發(fā)表學術論文2000余篇；公開出版專著和教材230余部；獲得科研獎勵70余項；建立了沈陽藥科大學監(jiān)管科學與產業(yè)發(fā)展研究中心和沈陽藥科大學醫(yī)藥數據研究中心；創(chuàng)辦了《亞洲社會藥學》雜志。
學院堅持對外交流。與美國Alliant大學建立了本科生互換人才培養(yǎng)合作關系，與中國藥科大學、復旦大學、北京大學、歐洲監(jiān)管科學協(xié)會、澳門大學、美國南加州大學共同成立了國際藥事監(jiān)管教育推行委員會，簽署了戰(zhàn)略合作協(xié)議；與美國Amgen公司、德國拜耳公司等國內外知名企業(yè)建立了教育與科技合作關系。
學院將緊緊圍繞學校辦學宗旨，進一步加強內涵建設，以學科建設為主線，以教學改革為核心，以全面育人為根本，立足藥學，突出特色，注重品質，創(chuàng)新發(fā)展，奮力開啟藥學領域國際知名、國內一流的工商管理學院建設的新征程。