1959年成立中國人民解放軍新疆軍區(qū)生產(chǎn)建設(shè)兵團農(nóng)學院（簡稱兵團農(nóng)學院）畜牧獸醫(yī)系，1994年成立石河子農(nóng)學院動物科學系，2001年成立動物科技學院，是石河子大學傳統(tǒng)優(yōu)勢學院之一。
學院緊密結(jié)合兵團區(qū)域經(jīng)濟建設(shè)，經(jīng)過近20年的建設(shè)與發(fā)展，在人才培養(yǎng)、師資隊伍建設(shè)、學科建設(shè)、學術(shù)團隊結(jié)構(gòu)的優(yōu)化、科研水平提高等方面取得突破性進展，成效顯著；科研平臺、基地建設(shè)和人才培養(yǎng)環(huán)境明顯改善，在兵團和地方開展了廣泛而深入的社會和經(jīng)濟服務(wù)，學科方向具有較顯著的區(qū)域特色。涌現(xiàn)出榮獲“農(nóng)業(yè)部有突出貢獻的中青年專家和教育部、人事部有突出貢獻的回國留學人員”稱號的姜悅平教授，“農(nóng)業(yè)部教書育人先進教師、兵團職業(yè)道德先進個人”稱號的張高軒教授，“兵團勞動模范、自治區(qū)優(yōu)秀專業(yè)技術(shù)工作者”稱號的李一善教授，“全國模范教師暨自治區(qū)、兵團優(yōu)秀共產(chǎn)黨員”稱號的代江生教授等許多知名教師。
學院下設(shè)動物醫(yī)學系、動物科學系；設(shè)有2個本科專業(yè)——動物醫(yī)學專業(yè)和動物科學專業(yè)；動物醫(yī)學為國家級特色專業(yè)，動物科學專業(yè)入選教育部卓越農(nóng)林人才教育培養(yǎng)計劃改革試點項目（拔尖創(chuàng)新型）。畜牧學為國家一級學科博士學位授權(quán)點和博士后流動站，獸醫(yī)學為一級學科碩士學位授權(quán)點。“動物生產(chǎn)與疾病控制”是國家“211工程”重點建設(shè)項目。畜牧學和獸醫(yī)學均為新疆維吾爾自治區(qū)高原學科。
學院教職工81人，其中專任教師61人，其中教授23人，副教授27人，高級實驗師8人。專任教師中具有博士學位者47人，有出國留學經(jīng)歷的12人，高級職稱教師占專任教師的81.97%。雙聘院士3人，享受政府特殊津貼人員 2人，農(nóng)業(yè)部有突出貢獻專家2 人，自治區(qū)突出貢獻優(yōu)秀專家1 人，兵團英才3人，兵團優(yōu)秀青年教師1人，兵團中青年領(lǐng)軍人才2人。
本科生723人，生師比11.85:1；各類在校研究生278人，其中博士研究生63人。學院立足西北邊疆和兵團農(nóng)墾事業(yè)，始終堅持“專業(yè)知識扎實，實踐技能過硬”的教育理念，在近60年的辦學過程中，培養(yǎng)了一大批社會實踐能力強和具有創(chuàng)新精神的高級畜牧獸醫(yī)專業(yè)人才，廣泛受到農(nóng)牧團場和企業(yè)的歡迎。學院連續(xù)獲得第三屆、第四屆全國“生泰爾杯”大學生動物醫(yī)學專業(yè)技能大賽一等獎，全國大學生第二屆動物科學專業(yè)技能大賽一等獎。
學院現(xiàn)有“動物健康養(yǎng)殖”國家級國際聯(lián)合研究中心， “動物遺傳改良與疾病控制” 自治區(qū)重點實驗室， “動物疾病防控” 兵團重點實驗室；“綿羊育種與疾病控制”兵團國際科技合作基地；新疆畜牧獸醫(yī)科技服務(wù)生產(chǎn)力促進中心等5個實驗平臺。有自治區(qū)和兵團精品課程3門。有預防獸醫(yī)學實驗室、基礎(chǔ)獸醫(yī)學實驗室、臨床獸醫(yī)學實驗室、動物遺傳育種與繁殖實驗室、動物飼料與營養(yǎng)實驗室5個本科教學實驗室。各種儀器設(shè)備2000多臺套，總價值5299.19萬元。有本科學生專業(yè)綜合實習點63個，校外產(chǎn)學研教學實習基地39個。學院設(shè)有畜牧試驗站、飼料添加劑廠、動物醫(yī)院等校內(nèi)教學、科研與成果轉(zhuǎn)化基地。新建的面積為1100平米的石河子大學動物館，收藏了200多種家養(yǎng)動物和野生動物標本，成為學生專業(yè)教育和普及科學文化知識的基地。
近年來，學院先后承擔了國家重大基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃“973專項”、國家轉(zhuǎn)基因?qū)ｍ棥H科技合作重大項目、國家自然科學基金、教育部、兵團項目及各類橫向項目等192項，科研經(jīng)費達5000余萬元。獲得兵團科技進步一等獎1項，二等獎3項；獲國家授權(quán)發(fā)明專利31件；發(fā)表學術(shù)論文400多篇，其中SCI、EI論文100余篇。
學院堅持“開發(fā)、合作”的理念，積極拓展國內(nèi)國際合作與交流，持續(xù)提升學院影響力。與新西蘭、日本、俄羅斯、哈薩克斯坦等國家的多所著名大學或科研機構(gòu)建立校際合作關(guān)系，承辦了“上合組織國家現(xiàn)代畜禽養(yǎng)殖和疾病防治培訓班”。近四年先后邀請國外專家10余人次，國內(nèi)專家20余人次來院做報告和進行學術(shù)交流，選派教師13人次到國外訪學或進修，教師18人次到國外參加國際學術(shù)會議。每年接待合作研究與交流人員達 50 人次以上，選派36名本科生赴華南農(nóng)業(yè)大學插班學習。華南農(nóng)業(yè)大學每年選派教師赴我院支教和學術(shù)交流。
秉承“明德正行、博學多能”的校訓，堅持立德樹人，堅持教學、科研兩個中心，堅持產(chǎn)學研緊密結(jié)合，不斷完善人才培養(yǎng)體系，以為國家培養(yǎng)高質(zhì)量專門畜牧獸醫(yī)人才為己任，努力把學院建設(shè)成為人才培養(yǎng)體系完善、專業(yè)特色鮮明、區(qū)內(nèi)領(lǐng)先、西北有較大影響的高水平教學研究型學院。