兒科學專業(yè)起源于2002年臨床醫(yī)學兒科專業(yè)方向，2016年教育部批準為本科專業(yè)，2017年成立兒科學系。現(xiàn)有兒科學本科專業(yè)以及兒科學、小兒外科學、新生兒重癥護理碩士學位授權(quán)點，是四川省省屬高校中唯一的兒科學碩士學位授權(quán)點。2017年、2020年先后與澳門科技大學、暨南大學聯(lián)合培養(yǎng)博士研究生。目前是國家級新生兒圍產(chǎn)期?？漆t(yī)師、兒科住院醫(yī)師培訓基地，國家首批小兒血液病定點醫(yī)院，四川省小兒外科住院醫(yī)師規(guī)范化培養(yǎng)基地，四川省出生缺陷臨床醫(yī)學研究中心，四川省危重新生兒救治中心、四川省小兒先心病治療定點醫(yī)院，四川省殘疾兒童手術(shù)矯治定點和負責單位。2004年成功開展四川省首例連體嬰兒分離手術(shù)。是四川省醫(yī)學會兒科學專業(yè)委員會主任委員單位，四川省小兒外科醫(yī)師協(xié)會候任會長單位。

劉文君、董文斌先后任兒科學系系主任，楊敏任兒科學系黨總支書記至今。全系有教授20人，副教授27人，教師隊伍中90%以上具有碩士學位或博士學位，其中博士9人，碩士76人，博士生導師2人，碩士生導師17人。擔任全國和省市學術(shù)團體職務(wù)18人，其中，中華醫(yī)學會兒科學分會全國委員1人及學組委員4人；中華醫(yī)學會小兒外科學會委員2人，肛腸委員1人；中國醫(yī)師協(xié)會兒科醫(yī)師分會、新生兒科醫(yī)師分會全國委員2人；中國婦幼協(xié)會微創(chuàng)學會委員3人；四川省兒科專委會主任委員1人、副主任委員1人、青委會副主任委員1人；四川省圍產(chǎn)醫(yī)學專委會副主任委員1人、委員和青年委員各1人；四川省小兒外科學會副主任委員1人、委員2人；四川省醫(yī)師協(xié)會兒科醫(yī)師分會副會長2人；四川省護理學會兒科護理專委會主任委員1人；四川省小兒外科醫(yī)師協(xié)會候任會長1人；四川省康復(fù)醫(yī)學會加速康復(fù)外科分會副會長1人。享受國務(wù)院特殊津貼的專家2人、四川省學術(shù)技術(shù)帶頭人3人、四川省學術(shù)技術(shù)后備人才3人，四川省“天府萬人計劃”天府名醫(yī) 1人，四川省衛(wèi)生健康首席專家 1 人，四川省衛(wèi)生計生領(lǐng)軍人才2 人、四川省有突出貢獻的優(yōu)秀專家1人、四川省衛(wèi)生健康學術(shù)和技術(shù)帶頭人8人。有5位專家分別擔任《中國當代兒科雜志》《中華實用兒科臨床雜志》《中華新生兒科雜志》《臨床兒科雜志》《中國小兒血液與腫瘤》、《兒科藥學雜志》《解放軍醫(yī)學雜志》《西部醫(yī)學》《重慶醫(yī)學》、《西南醫(yī)科大學學報》《國際輸血及血液學》等13種雜志編委。近五年承擔各級科研項目50余項，其中國家自然科學基金2項，國家衛(wèi)健委基金1項，省部級課題15項;獲四川省人民政府科技進步三等獎1項，四川省醫(yī)學科技進步二等獎3項；發(fā)明專利4項；主編或參編教材和專著15部。近5年發(fā)表論文150余篇，其中SCI收錄60余篇，最高IF7.4分

本系始終圍繞“人才培養(yǎng)”這一根本目標，以本科教育教學質(zhì)量提升和學科建設(shè)為抓手，持續(xù)加強兒科學系內(nèi)涵外延建設(shè)?，F(xiàn)有在校本科學生585人，全日制碩士研究生59人，全日制博士研究生4人，近10年培養(yǎng)碩士研究生150余人，兒科學專業(yè)為五年制一本招生專業(yè)。以“崗位勝任力為導向，以人為本、因人施教、兼顧社會需求的個性化人才培養(yǎng)”為辦學理念。開設(shè)《兒科學》《小兒內(nèi)科學》《小兒外科學》《兒童保健學》《小兒傳染病學》《兒科學高級教程》六門專業(yè)課程，其中《兒科學》是四川省精品課程。擁有包括西南醫(yī)科大學附屬醫(yī)院、四川省人民醫(yī)院、復(fù)旦大學附屬廈門兒童醫(yī)院、成都市婦女兒童醫(yī)院、綿陽市中心醫(yī)院、南充市中心醫(yī)院、三峽中心醫(yī)院、宜賓市第二人民醫(yī)院等八家三級甲等綜合或?qū)？漆t(yī)院作為實習基地。

本系擁有兒科學、圍產(chǎn)醫(yī)學（新生兒學）兩個四川省醫(yī)學重點學科；擁有專職科研平臺1個，即四川省出生缺陷臨床醫(yī)學研究中心，該中心擁有數(shù)據(jù)分析工作站、核轉(zhuǎn)染系統(tǒng)、FISH自動分析儀、熒光定量PCR、超微量分光光度計、熒光顯微鏡、醫(yī)用離心機、冰凍離心機、金屬浴、體視顯微鏡、轉(zhuǎn)膜系統(tǒng)、超低溫冰箱、低溫高速離心機等價值3000余萬元的儀器設(shè)備。中心已形成以下科研方向：1.兒童血液遺傳病的基礎(chǔ)與臨床研究，圍繞兒童白血病耐藥與逆轉(zhuǎn)的基因調(diào)控及細胞信號轉(zhuǎn)導機制形成系列研究；2.圍產(chǎn)兒先天缺陷發(fā)生的機制研究；3.從整體和分子層面進行發(fā)育源性疾病的基礎(chǔ)研究；4.兒童先天結(jié)構(gòu)畸形與功能缺失的診治研究，圍繞出生缺陷的分子影像診斷、先天性心臟病肺動脈高壓形成與逆轉(zhuǎn)的細胞信號傳遞機制進行研究。依托四川省出生缺陷臨床醫(yī)學研究中心專職科研平臺和省級重點醫(yī)學學科培養(yǎng)學術(shù)型兒科人才，依托國家級專科醫(yī)師、住院醫(yī)師規(guī)培基地培養(yǎng)專業(yè)型兒科人才，依托新生兒重癥護理碩士學位授權(quán)點以及兒科、新生兒?？谱o士培訓基地培養(yǎng)兒科高層次實用型護理人才，成為西南地區(qū)重要的兒科人才培養(yǎng)高地。

臨床兒科擁有病床350余張，開設(shè)新生兒、小兒血液、心血管、泌尿、神經(jīng)、急診與重癥、感染與消化、小兒外科以及兒童保健、康復(fù)等?？?，是川滇黔渝結(jié)合部兒童醫(yī)學中心。